Les Scientifines est un organisme à but non lucratif, incorporé et reconnu comme organisme de bienfaisance depuis 1993. Cependant, la première version du programme Les Scientifines a d'abord été implantée en 1987 dans le cadre du programme "étalez votre science" du Ministère de l'Éducation du Québec.

Durant les trois années qui ont suivi (1988 à 1991), les fondatrices du programme, soit une équipe composée de quatre femmes de l'école de service social de l'Université de Montréal, ont poursuivi les activités dans le cadre d'une recherche-action. De 1991 à 1992, il n'y a pas eu d'activités, mais des démarches étaient entamées afin que Les Scientifines devienne un organisme de charité et continue à offrir des services.

Les Scientifines est issu de la détermination, de la persévérance et de la passion de nombreuses femmes soucieuses d'améliorer les conditions de vie de leurs pairs en suscitant l'intérêt des jeunes filles pour les sciences, tout en souhaitant que cela leur permette de s'outiller pour un avenir meilleur.